由角色各自的序章開始，決心前往聖都（夏綠蒂除外），在途中主角遇上菲雅莉，在聖都拜訪光之祭司，主角們得知若要達成他們的願望，就要獲得瑪那聖域裏的瑪那之劍，而進入聖域則需要借助精靈們的力量。

擊倒鎧甲巨蟹後獲得光精靈的力量，但在離開瀑布洞窟時遭到獸人兵團襲擊，因而被困在要塞都巿的牢獄中，最後被夥伴救出。（在進入瀑布洞窟前夥伴１［等級４］會加入。如夥伴２是夏綠蒂，她會在瀑布洞窟裏加入［等級４］，其他角色則會在要塞都巿的牢獄中加入［等級６］。）

主角們得知英雄王熟悉瑪那石，打算拜訪他，卻遇到魔法王國襲擊，通往草原之國的大地裂縫裏的橋被炸毁，唯有使用自由都巿的大砲。在矮人隧道拿到火藥後，眾人便飛往草原之國，拯救了英雄王，英雄王告知眾人瑪那石的情報，並指引眾人要前往風之王國尋找風精靈。

• 盡量不要把重要的進度儲存在檔案１，因為當你正在玩其他位置的存檔而某一次選擇讀取自動儲存後，下一次的位置儲存就會自動停留在檔案１，一不留神就很容易把檔案１覆蓋掉
• 某些特技需要有相關的精靈才可以習得，適當的分配養成點數來有效地提升能力值、習得技能及特技吧
• 如果已經是二周目，亦已獲得寶物獵人成就，可以考慮把第一至五章的路上的寶物全都略過以節省時間，因為珍貴的道具只有第六章開始才有：「女神天秤」（第六章）及「七彩道具種子」、「瑪那．指環」和「瑪那．吐息」（第七章），如果沒有使用「女神天秤」重新轉職的需要，可以連第六章的所有路上的寶物都略過
• 到達黃金街道後才會觸發仙人掌小弟的劇情，日後重回自由都巿邁亞（第一章）、要塞都巿加德及拉比兔森林（第二章）時，可以找回當時仍未出現的仙人掌小弟喔。另外，已完成劇情的湖畔村莊阿斯托利亞（被破壞後）（第二章）、瀑布洞窟及聖都溫德爾（第四章），裏面也有仙人掌小弟的，記得也要探訪這幾個地方喔！
• 購買硝基火藥可以殺價一次，由５０００降到３０００，再殺一次價瓦茲就不肯賣給你了。由於３０００在早期來說是一個不小的數目，建議把「鐵匠之心」這個連結技能留待到二周目才拿吧
• 購買了硝基火藥後，可以選擇立即回到自由都巿找彭．波亞吉，然後使用大砲進入草原王國，英雄王會告知你鼴鼠怪高原的邪神像後的湖水底有秘道，可以直達矮人隧道拿土精靈，這個邪神像之迷就可以破解了（聽說這對很多人來說是聖３最後一個沒能破解的迷），不過此舉對劇情沒有影響，反而打完珠寶吞噬者後回草原王國還沒有那麼的轉折
• 到達鼴鼠怪高原前往草原之國佛爾賽那前，可以順路先到大地裂縫ＩＩ（由鼴鼠怪高原Ｉ的東南面進入），拿該區最後的寶箱及仙人掌小弟後，才繼續草原之國的劇情

前往尋找風精靈時得知風之王國一帶已被納巴爾佔領，在賢者唐．培里的指引下，最終獲得了風精靈，並借助其力量成功奪回羅蘭特。

在回草原之國的途中，不幸上了幽靈船。成功解救闇精靈後，卻漂流到火山島布卡，幸得海洋之主布斯卡布的幫助，成功逃離即將發生火山爆發的火山島，然後啟程再會英雄王。

• 拿小不點槌子時，是第二章完結前最後一次去黑巿購物，建議可購買：波特之油（回復我方全體成員的ＨＰ）、波特媽媽之油（使我方全體成員從異常狀態中恢復）、鼴鼠怪之爪及大地硬幣（對付贊可）、冰凍漁人之爪及冰之硬幣（對付傑諾亞）、能提升攻防力的鱗片（對付比爾與班）、光之硬幣（對付哥瓦）、及南瓜炸彈（當魔法核桃用完時，南瓜炸彈可作補充ＭＰ的後備品）等
• 重回要塞都巿加德及拉比兔森林時，可以尋找當時仍未出現的仙人掌小弟
• 訪問可樂波古時，記得順道去湖畔村莊阿斯托利亞（被破壞後）尋找仙人掌小弟及探望忠犬胖太喔
• 可樂波古村內有兩個寶箱是位於屋內的閣樓，要分別利用旋轉樓梯及蘑菇梯上上層才能獲得
• 風之迴廊若等級已滿１８，可以調查風之瑪那石以轉職到２階
• 風之王國羅蘭特（除非莉絲在隊中，可於第七章進入）、幽靈船、火山島布卡及岸邊洞窟的劇情完結後便不能重回舊地，若想完成寶物獵人成就（或有寶箱強迫症），請務必搜尋好所有的寶箱才好離開喔
• 解救風之王國羅蘭特時，如隊伍中有莉絲卻沒有霍克艾，會出現霍克艾親莉絲的特殊劇情
• 解救風之王國羅蘭特後，如隊伍中有霍克艾卻沒有莉絲，莉絲離別時會出現霍克艾跟莉絲依依不捨卻欲言又止的特殊劇情
• 幽靈船的劇情中會有一名角色暫時離開，跟這個幽靈角色聊天會取代其位置，請選擇最強或最低經驗值的兩位角色去挑戰哥瓦吧
• 如隊伍中有轉了光的杜蘭，回到草原之國佛爾賽那後可以不用急買「騎士之盾」，於雪都愛爾蘭德或沙漠之都薩爾坦賣的「黃金之盾」的整體防禦力更佳

英雄王告知水、火、月及木精靈的所在地。前往冰壁迷宮時遭到魔法王國的攻擊；在火焰谷成功從美獸手中救回潔西卡；在月讀塔前遇上獸人魯格的挑戰；而在花園之國拜會了妖精王後，於燈花森林的深處也獲得了最後的木精靈。

• 可選擇先去冰壁迷宮拿水精靈或火焰谷拿火精靈，但之後的精靈順序必定是月跟木
• 綠洲村莊迪恩是遊戲中唯一可以忽略的地方，但裏面也有仙人掌小弟的喔
• 救了潔西卡後，她會在綠洲村莊迪恩，有空可以去探望一下她喔
• 破解燈花森林ＩＩ的迷宮的方法是往有紅色燈花的分岔路前進，但燈花要在夜晚才會變成紅色的喔，可以使用夢見草把白天變回夜晚後才通過迷宮；不過其實白天也能通過燈花森林ＩＩ的喔，只要記著走法：左 → 右 → 右便可

遺忘島集結了菲雅莉、精靈們及瑪那石的力量後，成功開啟了聖域之門，但由於能量太過強大，聖域入口被拋在高空，幸得有翼者之父芙拉米的幫助，主角們成功進入聖域，拔出瑪那之劍。

與此同時，菲雅莉被壞人們擄走了，主角們突入敵人的根據地，以瑪那之劍作交換，成功救出菲雅莉，可是８隻神獸卻因瑪那之劍的力量而復活了。

• 拿到風太鼓後，可以重回瀑布洞窟及聖都溫德爾，尋找那兩個地方的仙人掌小弟
• 天頂有一個寶箱因為已觸發「有翼者之父」的劇情而拿不到，記得日後在打風神獸時順路回天頂拿喔
• 龍帝路線：解除正門結界的邪神像位於下層的魔法王國阿爾蒂娜ＩＶ、中央偏西南的廣場處，需要逆時鐘繞一圈才可到達
• 黑暗貴公子路線：調查沙之要塞納巴爾Ｖ西北方的機關，才可以開啟沙之要塞納巴爾ＩＶ中間的門
• 面具道士路線：如有凱文的話，在瑪那之劍被奪後，先於野獸王國的天台跟獸人王交談後才好出發，以獲得卡爾的連結技能「狼之魂」，及觸發凱文的另一種結局

主角們逐一擊倒７隻神獸。

• 除闇神獸外，可以選擇任意次序挑戰七大神獸，越遲出現的神獸能力越強
• 土、水、火、光、月及木的神獸戰的地方，各有一個裝著？？？的種子的寶箱，此６顆？？？的種子不會重覆，因此開滿這６個寶箱就能獲得你想要的全部６種轉職道具。６個？？？的種子的寶箱所在地：
  土：寶石之谷多利安ＩＩ的中央位置，毒沼澤以北的道路的盡頭
  水：冰壁迷宮ＩＩ西南面，第一個分岔路轉右上冰梯頂部
  火：火焰谷Ｉ中央偏北位置，右手邊有一堆噴火柱的石梯的盡頭
  光：光之古代遺跡的正南面，需要逆時針繞遺跡一個圈才能到達
  月：月讀塔ＶＩＩＩ東南面
  木：神奇樹海Ｉ～ＩＩ石崖上的寶箱
• 木神獸戰的？？？的種子的寶箱就在入口處，而土及月神獸戰中的？？？的種子的寶箱也靠近金色女神像，可以儲存進度後才開啟？？？的種子的寶箱，種出來的轉職道具若果不滿意的話，可以讀取進度再重開寶箱（即是要開寶箱前儲存，千萬不要開寶箱後才儲存，因為？？？的種子會種出什麼東西在開箱後就會固定了，無論讀取多少次結果也是一樣）
• 擁有合適的轉職道具及等級已滿３８的話，可以到瑪那聖域調查瑪那女神像以轉職到３階，若果以３階職業來打神獸的話會相對輕鬆
• 擊倒１隻神獸後，會出現售賣武器及防具的奇基齊塔及約瑟芬；擊倒４隻神獸後，售賣的武器及防具會更新
• 風神獸戰時可降落在風之王國羅蘭特，然後往天頂拿最後的寶箱，才進風之迴廊打神獸
• 木神獸戰時，於神奇樹海ＶＩＩＩ拿了上層的寶箱後，如從上層的入口進入神奇樹海ＩＸ，便會錯失最後一個寶箱而直接打神獸，所以請從下層的入口進入，拿齊寶箱後才挑戰神獸

為了獲得有關闇神獸的線索，主角們前往古都佩丹，最終找到並擊敗了闇神獸，可是被打倒的神獸們的力量卻被最終首領吸收了。主角們深入敵方巢穴（安潔菈／杜蘭：龍帝路線的龍之長廊，莉絲／霍克艾：黑暗貴公子路線的黑暗城堡，夏綠蒂／凱文：面具道士路線的幻影宮殿），並把宿敵一一擊倒。

最後，為了拯救瑪那女神，主角們進入瑪那聖域作最終決戰。

• 現在的古都佩丹有一個寶箱，睡覺前可以先拿喔（再睡一次，便可以由過去的古都變回現在的古都）
• 過去的古都西北面的寶箱裝有？？？的種子
• 龍帝路線：古都佩丹東北面的防具屋，會出現遇見黃金騎士洛基的特殊劇情
• 如果獲得七彩道具種子的話，盡量不要種出，留待第七章４階後才種，以獲得最強的４階武器及防具
• 珍貴道具「女神天秤」的所在地：龍之長廊Ｉ西北面、黑暗城堡ＩＩ正北面（越過掉下來打鎧甲巨蟹時的機關進入房間）及幻影宮殿ＩＩ正西面
• 面具道士路線：
  迷惑叢林ＩＩＩ的過關法：一直向著有拉比兔的分岔路走；或者記著以下路線：右 → 左 → 前 → 左 → 右
  幻影宮殿Ｉ正東之路：在樓梯口會遇到希斯／卡爾，引誘你往下走，如果跟著他／牠走，便會回到迷宮的入口處，只有繼續抬頭向前，捨棄往事，才能解脫
  幻影宮殿ＩＶ：魔法陣的走法：左 → 右 → 左二
• 瑪那聖域（被破壞後）是最後一次出現仙人掌小弟的地方，至此應該可以解鎖強力的連結技能「仙人掌之魂」了
• 瑪那聖域（被破壞後）中的零式暗影有５％的機率會掉下零式暗影之眼，是遊戲中唯一能直接掉下這個強力道具的小卒，如想獲得最強的減益道具就不要錯過喔
• 當能前往瑪那聖域（被破壞後）時，可以考慮到琉璃沙漠／黑暗洞窟／迷惑叢林的入口處調查拉比像，挑戰遊戲中最強的首領黑色拉比兔，如能擊倒牠就可以獲得逆天的連結技能「漆黑之力」

大魔女亞妮絲甦醒了，為了擊倒她，阻止世界滅亡，大魔導師葛蘭．克洛瓦建議主角們轉職為最強的４階職業，最後他們都成功完成各自的４階任務。

主角們進入亞妮絲的禁區，為拯救世界而戰。

• 擊倒帝王寶箱怪必定能獲得七彩道具種子
• 亞妮絲的禁區遍佈珍貴的道具「女神天秤」及「七彩道具種子」，把寶箱都全開吧
• 最珍貴的飾品「瑪那．指環」及「瑪那．吐息」（使所有異常狀態無效）分別在亞妮絲的禁區［魔法王國阿爾蒂娜］Ｉ：由ＩＩ的東北面的路口進入斷崖的另一邊；及亞妮絲的禁區［野獸王國］ＩＩ：由ＩＩ的東南面的門口到Ｉ，然後由Ｉ南面的門口進入ＩＩ
• 亞妮絲的禁區［沙之要塞納巴爾］Ｖ的過關法：南 → 東 → 南 → （寶箱）西 → 北 → 西 → 南 → 南 → 東 → 東 → 南 → 西（如已拿了寶箱，重玩時可走：南 → 西 → 南 → 南 → 東 → 東 → 南 → 西）
• 亞妮絲的禁區［風之王國羅蘭特］ＶＩＩＩ及ＩＸ的門兩邊走，並且使用連結技能「遭遇率上升」，是最佳的刷七彩道具種子的地方（擊倒上級惡魔或元素之劍有７．５％的機率取得七彩道具種子）
• 亞妮絲的禁區［風之王國羅蘭特］Ｘ的過關法：西北 → （寶箱）南 → 東北 → 中間
• 如果要重回亞妮絲的禁區刷七彩道具種子，可以由亞妮絲的禁區的終點，回到亞妮絲的禁區［野獸王國］，再到亞妮絲的禁區［風之王國羅蘭特］，由Ｘ逆行去到ＩＸ的過關法：南 → 北 → 西北 → （寶箱） → 西北